1 - Le grand départ
La Terre est dominée par d'étranges humanoïdes, et ceci, depuis que l'humanité a perdu la grande guerre spatiale. Un jeune capitaine de vaisseau répondant au nom d'Albator a déserté la Terre car il n'accepte pas cette domination. Mais le Gouvernement Intergalactique a chargé l'un des plus vieux amis d'Albator, le capitaine Warrius Zero, plus connu sous le nom de CosmoWarrior qui est désormais le commandant des forces terrestres de le retrouver et de l'éliminer!
2 - L'emprise de Marina
Le capitaine Warrius Zero est parti combattre son ancien ami Albator à bord de son vaisseau le Karyu. Le capitaine en second, Marina Oki impose une discipline de fer à bord du vaisseau, ce qui n'est pas sans créer de nombreuses tensions entre les humains, et les humanoïdes. Que va t'il se passer à bord du croiseur qui a pour mission d'éliminer Albator?
3 - Le feu de Saint-Elme
CosmoWarrior Zero se porte au secours d'un vaisseau ayant lancé un SOS. Mais il tombe sur l'un des plus féroces pirates de l'espace, le Général Hunter, commandant de l'Armée Révolutionnaire Terrestre. Hunter attaque le Karyu, qui en ripostant, déclenche par erreur une nouvelle arme de guerre encore en test, le feu de Saint-Elme…
4 - Le grenadier
Sur la planète El Alamain, Zero rencontre un redoutable mercenaire nommé “Le Grenadier” .Warius lui propose de se joindre à son équipage pour traquer Albator, mais le mercenaire refuse sa proposition. Il s’est déjà engagé à protéger de la menace humanoïde les enfants de son ancien employeur.
5 - Tochirô le samouraï
A Gun Frontier, une ville ou toute violence est proscrite, Zero compte sur Sylvania, une chasseuse de primes, pour lui fournir des informations sur Albator. Zero envoie une équipe sur place, mais la situation en ville dégénère et Tochirô se voit accuser d’avoir tout déclanché...
6 - Un ami fidèle
Albator et Emeraldas débarquent à Gun Frontier pour sauver leur ami Tochirô de la potence, suite aux troubles qu’il a déclanché en ville. L’équipe de Zero en profite pour utiliser Tochirô comme appât. Inquiet, Zero décide de descendre lui aussi en ville où il ne va pas tarder à rencontrer son célèbre adversaire…
7 - Un nouveau passager
Zero est informé que le “Death Shadow”, le vaisseau d’Albator bombarde une planète. Arrivé sur place, le cosmowarrior contre-attaque immédiatement et met en fuite le redoutable vaisseau. Pendant ce temps, Marina ressent une présence étrange à bord du Karyu. Cette présence n’est autre que Helmaetel, une humanoïde.
8 - HelMaetel
Marina, blessée dans l’explosion mystérieuse de la salle des ordinateurs, est emmenée à l’infirmerie. Bien que sous observation, elle veut retrouver Helmaetel. Avant que la mystérieuse humanoïde ne parvienne à s’échapper du Karyu, elle va révèler à Marina la vraie nature du Cosmowarrior…
9 - Une sinistre planète
Zero va découvrir ce qu’il advient du corps des humains ayant choisi de se changer en humanoïdes. Le secret était jusqu’à présent bien gardé par le gouvernement galactique. Révolté par ces pratiques Warius décide de mettre un terme à cette conspiration avec l’aide de Maetel.
10 - Au fin fond de la galaxie
Sur les conseils de Maetel, Zero fait route vers Technologia, une planète visant l’harmonie entre humains de chair et humanoïdes. Mais il doit pour cela traverser un puissant champ magnétique qui rend fou l’équipage humanoïde. Il ne pourra compter que sur les humains du Karyu dans cette épreuve…
11 - Technologia
Zero parvient à atteindre Technologia. C’est là que l’attend la forteresse spatiale du Gouverneur Galactique Zeth Water. Un terrible combat s’engage entre le Karyu et la gigantesque forteresse qui semble indestructible. A son bord, Zeth et son bras droit Hell Maetel ont un plan pour affaiblir l’équipage de Zero…
12 - Une bataille sans fin
Zeth Water veut détruire Technologia grâce à Hell Castle, sa forteresse. Zero fait barrage avec le Karyu, mais son vaisseau, en grave difficulté, ne peut à lui seul faire front. Il doit coordonner son attaque avec le Death Shadow, le vaisseau d’Albator, ainsi que d’autres pirates…
13 - Le serment
Pour espérer détruire Hell Castle, Zero doit tout miser sur l’arme fatale de son cuirassé: Le Feu de Saint-Elme. Cette arme demande une telle énergie qu’il se voit contraint de désactiver toutes les ressources du Karyu. Devant une situation aussi critique, il ordonne à son équipage de quitter le vaisseau…
14 - Albator vs Zero
Zero est fait capturé par les pirates du Général Hunter afin d’être utilisé comme monnaie d’échange contre le Karyu. En effet, à l’aide du puissant cuirassé, ils espèrent vaincre Albator et son redoutable vaisseau pour empocher la prime. Mais c’est sans compter sur l’intervention d’Emeraldas…
15 - L’étendard de la liberté
Les pirates du Général Hunter assiègent le repaire d’Albator pour s’emparer de son butin. L’enjeu est de taille car c’est ici même que Toshiro, dans son labo souterrain, prépare l’Atlantis, le futur vaisseau d’Albator. Le capitaine corsaire et son équipe pourront-ils sauver ce refuge de la destruction?